作者: mathyrs
2017-02-11 10:43:33
R语言可通过ODBC驱动操作数据库。但是前提是操作系统中已经安装了ODBC驱动管理器和ODBC驱动。由于使用的Mint系统，unixODBC和MySQL odbc驱动均无法通过apt命令直接安装。所以下面介绍源码安装的过程和可能出现的问题，mysql的安装和配置略过。
安装ODBC驱动管理器unixODBC
1.下载unixODBC源码tar包
网址：http://www.unixodbc.org/
2.解压：$ tar -zxvf unixODBC-2.3.4.tar.gz
编译，安装:
$ cd unixODBC-2.3.4
$ ./configure
$ make
$ make install
如果make install报Permission denied错误, 使用root权限再执行一遍. 安装成功后在/usr/local/etc/目录下会有目录ODBCDataSources和两个配置文件odbc.ini和odbcinst.ini.
安装mysql ODBC驱动
1.下载mysql ODBC驱动二进制tar包
地址：https://dev.mysql.com/downloads/connector/odbc/。网站会根据系统自动匹配兼容的版本， 我的Mint匹配的是Linux-Generic。下载后可按照https://dev.mysql.com/doc/connector-odbc/en/connector-odbc-installation-binary-unix-tarball.html上的安装教程安装。如果不想看了也可以继续看我的。
2.解压
$ tar -zxvf mysql-connector-odbc-5.3.7-linux-glibc2.5-x86-64bit.tar.gz
3.复制lib和bin中内容到/usr/local/bin 和 /usr/local/lib中
$ cd mysql-connector-odbc-5.3.7-linux-glibc2.5-x86-64bit
$ cp bin/* /usr/local/bin
$ cp lib/* /usr/local/lib
其中lib目录中包含libmyodbc5a.so和libmyodbc5w.so。其中5a结尾的是ANSI版本驱动，5w结尾的是unicode版本驱动。可以两个都复制也可以只复制一个。
4.向ODBC管理器注册ODBC驱动
$ myodbc-installer -a -d -n "MySQL ODBC 5.2 Driver" -t "Driver=/usr/local/lib/libmyodbc5w.so"
$ myodbc-installer -a -d -n "MySQL ODBC 5.2 Driver" -t "Driver=/usr/local/lib/libmyodbc5a.so"
分别注册unicode版本和ANSI版本驱动。不成功的话使用root权限再次尝试。成功后会有如下提示：
Success : Usage count is x
5.查看已注册的ODBC驱动
$ myodbc-installer -d -l
配置数据源
1.在odbc.ini文件中直接配置数据源
$ sudo vi /usr/local/etc/odbc.ini
我配置的数据源如下：
[ODBC Data Sources]
Mysql = MyODBC 3.5.7 Driver DSN
[Mysql]
Driver = /usr/local/lib/libmyodbc5w.so
Description = Connector/ODBC 5.3.7 Driver DSN
SERVER = 127.0.0.1
PORT = 3306
USER = root
Password = mysql
Database = algorithm
OPTION = 3
SOCKET =
[Default]
Driver = /usr/local/lib/libmyodbc5a.so
Description = Connector/ODBC 3.51 Driver DSN
SERVER = localhost
PORT = 3306
USER = root
Password = mysql
Database = algorithm
OPTION = 3
SOCKET = /var/run/mysqld/mysqld.sock
其中Mysql为通过tcp连接数据库，需确保配置的数据库用户有相应连接权限。Default为通过本地socket连接数据库，需指定socket文件位置。若SOCKET配置为空则默认为/tmp/mysql.sock。但是我的mysql的socket文件位置在/var/run/mysqld/mysqld.sock，因此需配置。登录mysql后使用status命令可查看socket文件位置。
2.设置环境变量
$ export ODBCINI=/usr/local/etc/odbc.ini
$ export ODBCSYSINI=/usr/local/etc
3.测试数据源
$ isql Mysql -v
$ isql Default -v
分别测试了Mysql数据源和Default数据源，若出现Connected!字样的信息则说明连接成功。
问题
虽然可以成功连接数据库了，但是仍有些问题没有很清楚。不过目的是让R能够通过ODBC访问数据库，其他问题先记录下来：
1.ANSI版本驱动和unicode版本驱动的详细意义没有搞清楚。
2.odbcinst.ini文件的作用是什么？
3.myodbc-installer命令各项参数的意义和odbc.ini文件中的某些配置项的意义没搞明白。